教会开始在约鲁巴地区办教育

1842年，英国行教会黄金海岸角教士协会主教托马斯·弗里曼应移居到约鲁巴的塞拉利昂人邀请，在距拉各斯80公里的巴达格里建立了传教所，并留下海岸角黑人教士威廉·德格拉夫特照管教会事务。这些塞拉利昂移民原先受过一些教育，并带来了一些初级课本、写字石板、《圣经》。他们要求德格拉夫特开办学校。经德格拉夫特劝说，巴达格里的酋长们同意让儿童去学校学习。在这所教会学校正常学习的男女学童有50多人。德格拉夫特监管的这所学校成为尼日利亚历史上的第一所学校。

随后，英国行教会于1845年在巴达格里又开办了一所学校，还开办了一所男童寄宿学校和一所有52名成年人的星期日成人学校。1846年，在拉各斯以北的部落土王的都城阿贝奥库塔，英国行教会为男女儿童各开办了一所学校。当地首领和传统医生都将自己的子女和亲属送到学校学习。在女校开设了当地习惯上由男子从事的缝纫课。

1851年，英国军舰炮轰拉各斯，从而帮助拉各斯王阿基托耶恢复了王位。1852年1月1日英国舰队司令布鲁斯与阿基托耶签定协定，其中规定不仅在拉各斯应允许进行而且应鼓励发展西方教育。布鲁斯和驻拉各斯领事约翰·比克罗夫特让英国行教会立即进入拉各斯。英国行教会派遣了当地人教师詹姆斯·怀特到拉各斯开办教会并建立学校。学校由此传入约鲁巴内地。至1856年，英国行教会在拉各斯有256名学生，在约鲁巴内地的9所学校共有549名学生。

浸礼会于1853～1854年开始在约鲁巴开办学校。浸礼会传教士鲍恩的妻子建立了教仆人和劳工读写的学校。1855年，拉各斯建立了第一所浸礼会学校，该校成为以后“拉各斯浸礼会学院”的核心。但浸礼会在阿贝奥库塔的传教活动在1867年受挫，传教士被赶出了阿贝奥库塔。

1860年前，从巴西移居到拉各斯的自由奴隶安东尼奥担任了罗马天主教团的传教士。他为迁移来的自由奴隶们建立了对话式教学班。至1868年，罗马天主教团才建立了它的第一所学校，次年学生达到400多人，以葡萄牙语教学。由于经费困难又缺乏教师，该校于1873年关闭。1875年招募到一位新教教师后才又开办。

这些早期的教会学校条件简陋，往往是在小棚子里或在教会的角落里教学。这些传教团往往不顾基本教育原则，反对当地家庭对学生的传统教育，因此许多教会学校主张学生从小就应住校，以加强对学生的精神教育效果。这些传教团往往过分注重正规教育，主要进行读、写、算、宗教方面的教育，在有条件的地方还进行地理、绘画、语法、英语、历史等教育，只有少数学校开设缝纫等实用课程。这使学生不能帮助家长，也不能具备未来谋生的能力。一些家长不能见到显著效果，往往就让子女辍学。这些学校使教育成为少数教师或教士的专业工作，他们一般不了解约鲁巴人的社会、教育、价值观，因而在破坏着当地社会的价值观。

传教士以欧洲宗教或武力在约鲁巴地区推行西方教育，为欧洲宗教和文化在尼日利亚南部的扩展和传播创造了条件。