第一批中学建立

西班牙传教士从16世纪70年代开始在菲律宾建立中等学校。奥古斯丁派传教士于1572年建立的圣巴伯罗学校(San Pablo)是第一所修道院式的中学。方济各会于1577年建立了一所类似的修道院学校；多明我会于1587年建立了一所修道院学校和一所男子中学。奥古斯丁派于1587年又建了一所男子学校。耶稣会也于1589年建圣伊格那修(San Ignacio)修道院学校。1594年，方济各会与殖民地政府共同创办圣波藤西亚娜(Santa Potenciana)女子学校。1595年耶稣会又建圣伊尔德方索(San Ildefonso)男子学校。1596年奥古斯丁派建立卢保(Colegio de Lubao)男子学校。1601～1699年，天主教各教派至少在菲律宾又建立了7所中等学校。1640年总督科库拉(Sebastian Hurtado de Corcuera)未经西班牙国王批准擅自建立圣菲力普(San Felipe)中学。国王菲力普四世(Philip Ⅳ)听说此事后，大为不快，于1643年6月16日命令关闭这所学校。西班牙统治时期，教会办的中学通常都获得殖民地政府的资助，而政府办的中学往往由教会进行管理。例如，1710年政府创办的圣菲力普(San Felipe)神学院就是由教会管理的。