奖学院是在原行平(818～893)于881年(阳成天皇元庆五年)设立的。在原行平是嵯峨天皇的皇孙，被嵯峨天皇降为臣籍，赐姓在原。他为了奖励原来皇族(王氏诸族)的子弟求学，拨出自己的私有土地而创办了奖学院。奖学院的长官称做“别当”，总管院内的一切事务，另外还设有“公卿别当”、“弁官别当”、“有官别当”和“无官别当”等。起初别当由嵯峨源氏的出身者担任，但是到了1140年(崇德天皇保延六年)，别当由村上源氏的中院雅定(右大臣)补任。学生管理实行学头制，即从才学优秀的学生中选拔一名学头，负责维持院内的秩序。奖学院一直维持到了平安时代末期，历经约300年时间。
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