丧家心情恶劣是不可避免的，对淳于意的不能谅解也是可想而知的。丧家和以前吃过淳于意闭门羹的人家，联名指控淳于意故意不肯医治病人，延误病情，说他 “借医欺人，轻视生命”，糊涂县老爷，也没问清楚案情，不分青红皂白地便给淳于意判上了“肉刑”的罪名。
定上罪名那天上午，淳于意家中的大门，被人敲得如雷震响，门才一打开，县衙领头的官差劈头便道：“有人控告苍公淳于意犯了谋杀之罪，由于苍公曾经做过县令，依法是要经过帝王交付的判决，才能定案，我们奉朝廷之命，前来捉拿押解苍公上京法办。”衙门捕快的领班给淳于意家二个时辰打点。淳于意蒙受不白之冤，心里难过极了;又看到五个女儿泪眼汪汪的哭个不停，在心烦之余，感叹沉痛地说：“哭，就知道哭，生你们五个女孩，有事一点用处也没有，要是男孩该多好！”他的五个女儿听了心头一震，感伤地泪如雨下。尤其是淳于意最疼爱的小女儿堤萦，更是哭得泪流满面。堤萦决定随父亲上长安，一则可以就近照顾父亲，一则在京城可上书奔走，或卖入官家为奴，以赎父刑。堤萦一路上满脑子都想着父亲说那番话，当然也不会忘了那可怕的 “肉刑”。
根据汉朝的法律，肉刑可分三种：一种叫“黥”，在脸上刺字，使人一眼就可以分辨出他是犯人;一种叫 “劓“，是割掉鼻子的刑罚;另种叫 “断左右趾”，将左右脚趾头斩断的刑责。不论那一种“肉刑”，都相当可怕，堤萦担心身在狱中饱受煎熬之苦的父亲，会寝食难安，在公文的呈递，案情的审讯，都不可能很快进行的情况下，经过仔细地思考，堤萦觉得最快速营救父亲的方法，只有直接冒死向皇帝陈情。
堤萦事先把诉愿状写好，换上白净的衣裳，到皇城宫门外，伏跪乞求伸冤。皇帝是不轻易出来走动，或接见百姓的，可是宫廷里的侍卫官，告诉皇帝说有一位少女，长跪在宫门外，皇帝沉吟了一会儿，叫侍卫官前去问清楚，那位少女到底要做什么？侍卫官马上到宫外询问，堤萦抬头望见出来探询的侍卫，连忙大喊：“大人，冤枉啊！民女是为父亲伸冤而来，请大人带民女引见，民女感激不尽！”侍卫官看堤萦小小年纪，竟有如此的孝心，大为感动，便说：“小女孩！你有没有带着陈述情诉愿状，皇帝是不随便接见老百姓的，如果你有陈情书，我可以代替你呈递给皇帝。”果然，仁慈的文帝看过陈情书后，颇为动容，破例召见堤萦，当殿听取堤萦详细的陈述。
堤萦伏在宝殿上，向皇上投诉说：“民女的父亲淳于意为官时，一向就有廉明公正的清誉，弃官从医以后，也廉洁自律，以拯救天下苍生为己任，只因豪门强压，诬控父亲杀人之罪，致使父亲依法要判肉刑的刑责。民女悲痛的是，父亲一旦受了刑，纵然想要改过自新，也会因此而蒙羞，无法再做个完人，过平常的生活。所以民女长途跋涉，来到长安为父亲洗刷冤屈，民女情愿自己去当官脾，来赎父罪，换取父亲无罪之身。”文帝听完堤萦投诉，即刻派人去查助案情，并款待堤萦等候回音。
不久大臣们查出实情，奏明文帝，文帝当下赦免淳于意的罪，并召他入宫介绍医学，而且废除残酷的肉刑。堤萦在转瞬间便成为家喻户晓的名字，不但勇敢地救了父亲，更让所有犯“肉刑”的罪犯，从此免除残酷惩罚的陋刑，有昂头挺胸重新做人的机会。
回到家中的淳于意，全心全意地投入于医学，除了替人看病，也著书，希望后学能认识比较正确的医学常识，更希望后学能有依循的教科书。史书上曾记载淳于意有过二十五个医学判例，这个判例史记称它为 “诊籍”。在这些医学判例里，淳于意登录了患者的姓名、地址、职业、和医生自己分析的病理、辨证，还有诊断的治疗、药方等等，这些判例对后来医生的诊疗，具有非常重大的影响力。
此外，淳于意也造就不少学生，例如，宋邑、高期、王禹、冯信等等，淳于意把岐黄之术，神医扁鹊的脉书，观察面部青赤黄白黑五色诊病的方法，以及针灸，汤散丸酒等药方，都一一教给了来求学深造的学生。像淳于意在这种 “祖传秘方”医学风气未开的社会里，能够广集学生传授他们济世救人的技术，功德可谓无量，对后世医学发展的贡献甚大。