499年孝文帝去世后由宣武帝继任。他沉迷佛教，国政大乱，贵族竞相奢侈。孝明帝继任后，由胡太后执政。胡太后奢侈，私通清河王元怿并宠信元乂、刘腾。元刘二人因与清河王不合而叛变，并掌控朝政。刘腾去世后，到525年孝明帝与胡太后方平定乱党。但胡太后依旧如故，并与孝明帝不合。而后北方发生六镇之乱，北魏走向灭亡之路。
早在北魏初年，为了避免柔然入侵北都平城，于阴山黄河一带设置沃野、怀朔、武川、抚冥、柔玄及怀荒等六镇来拱卫首都。六镇将领由鲜卑贵族担任，将士多是鲜卑族或汉族的高门子弟。他们被视为“国之肺腑”，可随时返京任职。但在迁都洛阳后，六镇地位下降。由于仍保有鲜卑原始习性，被汉化的贵族歧视为“代北寒人”，将领升迁备受压抑，心怀不满。最后北方贵族与屯兵于523年发生六镇之乱，秦陇、关东等地各族人民也陆续起事。此事历经三年方定，并形成许多军阀。其中以镇守晋阳的尔朱荣的势力最大，他曾攻灭关东势力最大的葛荣。
孝明帝意图联合尔朱荣对付胡太后，但被胡太后毒死。胡太后先后立孝明帝独女及堂侄元钊为帝。同年尔朱荣以替孝明帝报仇为由，率军攻占洛阳，掌控朝政，史称河阴之变。他在河阴将北魏幼主和胡太后沉入黄河溺毙，杀死大臣两千余人，改立孝庄帝，于晋阳遥控朝政。孝庄帝愤为傀儡，于530年在尔朱荣晋见时亲自杀掉。而后尔朱荣之子尔朱兆及从弟尔朱世隆拥长广王元晔为帝，攻下洛阳后杀孝庄帝，改立节闵帝。同年军阀高欢于信都拥元朗为帝，并在532年攻下洛阳后，改立孝武帝[27]。
孝武帝为其所制，有意联合关中镇将贺拔岳对付高欢。高欢先发制人，于534年杀贺拔岳。孝武帝则任宇文泰代之，并与高欢决裂，投奔宇文泰。高欢追之不及，改立清河王世子善见为帝，即东魏孝静帝，迁都邺城。孝武帝西奔后不久被宇文泰所杀，改立南阳王宝炬为帝，即西魏文帝，定都长安。北魏于534年分裂成东魏及西魏后灭亡。