多事之秋，尚未出师身先死
郑成功南京之战失败后退居厦门，虽然此时的清廷又多次派兵征剿，但是对郑成功无计可施。后来郑成功收复台湾后，清廷更是没有办法再剿灭郑成功了。这个时 候，清廷已经感觉到郑芝龙已经没有利用价值了，就开始实施当初的平海五策中的后几策了。顺治十八年（1661），清廷采用之前黄梧叛郑投清时的建议中的 "三、其父芝龙羁縻在京，成功赂商贾，南北兴贩，时通消息，宜速究此辈，严加惩治，货物入官，则交通可绝矣；四、成功祖坟现在各处，叛臣贼子诛及九族，况 其祖乎？悉一概迁毁，暴露殄灭，俾其命脉断，则种类不待诛而自灭也……"清廷下令让兵部尚书苏纳海于八月时到福建，令黄梧毁郑氏祖坟，黄梧偕施琅会同提督 马得功、总兵苏明赴晋江县的大觉山、南安县的覆船山、橄榄山、金抗山，铲毁郑芝龙父祖和先世的坟墓五座，挖起来之后，即将大杉木锯开两边，中凿孔相连，将 各尸合在内，用铁箍箍上，外加封皮，沿途递解，逢郡县收狱。十月初三，年前被家人尹大器出卖流徙尚阳堡的郑芝龙，因为跟四辅苏克萨有过节，就被以跟郑成功 有书信往来，阴谋不轨的理由，在柴市被斩首，他在北京的子孙、家眷11人，全部被杀。
康熙元年（1662）正月的时候，郑成功正在和 诸将商量治理的台湾的一些事宜，此时，有一人前来告诉了郑成功这些消息。郑成功听到这些消息后，感觉就像是晴天霹雳。郑成功久久没有缓过来，嘴里只是说： "不可能，不可能……"，等到半夜的时候他一个人坐在那里精神恍惚，顿足辟踊，望北而哭，说："若听儿言，何至杀身；然得以苟延至今日者，亦不幸之幸 也！"乃令文武官员各挂孝，及知毁墓，更向西咬牙切齿地骂说："生者有怨，死者何仇？敢如此结不共戴！倘一日治兵而西，吾不寸磔汝尸，枉做人间大丈夫！" 后来郑成功虽然严谕搬眷，但是，留守的户官郑泰、兵官忠振伯洪旭、前提督黄廷等皆不欲行，据厦门、金门抗令，不发一船到台湾，岛上信息完全隔绝。
这个时候对郑成功来说，真的是诸事不顺。他下令后过了多日，依然没有消息。后来得知金、厦诸将抗命，郑成功大为震怒，于是解佩剑予董昱、洪有鼎，命再至 厦门，谕武卫右镇周全斌监杀。这时，参军蔡鸣雷因为在台湾有过失，怕被郑成功处分，所以告假回厦门搬眷，谎称郑成功欲杀诸将十余人，说："延平王势必尽 诛，否则罪及监斩者，已密谕南澳周全斌将兵来，此武力对付矣。"洪旭等更加害怕，人人自危；接着听说郑成功有病，认为他一定是病糊涂了，乃相与计议，说： "此乱命也，岂可妄从？然，世子，子也，不可以拒父；诸将，臣也，不可以拒君；泰于延平王为兄弟行，拒之可也。"洪旭等于是调援剿右镇林顺守大担岛，并诱 周全斌回厦门，即执而拘之，不肯搬眷到台湾，然后联名上启。郑成功看到"报恩有日，侯阙无期"这话，知道金门、厦门诸将抗命，仰天长叹，病情遂更加恶化。 其实，早在元旦的时候，郑成功就曾因为偶感风寒一直卧床不起。
一波未平一波又起，之前的几件事已经让郑成功内心极度激愤。但是，几个 月后，又从家中传来一个让他感到非常痛心的消息。原来，郑成功的长子郑经和他弟弟的乳母陈氏昭娘私通，于三月时生下一子，郑经谎称是他的侍妾所生。郑成功 信以为真，心中非常高兴，并且大加赏赐，给他的夫人董氏金六锭、花红六疋，郑经金四锭、花红四疋，陈氏昭娘金二锭、花红二疋，给孙子的赏赐也是如此。其 实，郑经和陈氏昭娘私通的事情早在三年前就已东窗事发，当时郑成功下令将陈氏昭娘投海，但郑经偷偷将她藏了起来，也没人敢去告诉郑成功。之后，陈氏昭娘更 加嚣张，经常和郑经的夫人唐氏吵架。郑经的夫人是前尚书唐显悦的孙女，为了替孙女出一口气，唐显悦写了一封信给郑成功，并在信中大骂郑经，当然，也把郑成 功给骂进去了，说："三父八母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不闻饬责，反而赍赏。此治家不正，安治国乎？"
郑成功得知事情真相之 后，非常生气，他大怒说："我欲成大事，乃不能治家，遑问天下。"于是他就派人去杀郑经，以及他的夫人董氏。黄廷等闻令，吓了一大跳，说："主母、小主其 可杀乎？"不肯奉令箭。诸将经过商量之后，于是决定只杀陈氏昭娘母子复命，并为郑经和董夫人求情。
这个时候，郑成功真的是内忧外患。
然而，经过这几次重大的打击之后，郑成功显得越来越憔悴。本来只是偶感风寒，但是一直没有好转，并且有加重的迹象。自此郑成功一病不起，文武官员来问 疾，他都辞而不见，自己一人昏昏沉沉地睡在床上。桌上烛花长了寸余，伺候的人都在旁边瞌睡，远远的正敲三鼓，心中忐忑不定，只得咳嗽了一声，伺候的人惊 醒，忙走到帐前张看。
这个时候，郑成功让仆人请陈永华进内房。不一会儿，只见陈永华慌慌张张走了进来，一见郑成功面便问："延平王何事呼唤？"郑成功说："陈先生，你且请坐下，小弟有事相告。"陈永华这才放心坐下。
停了一歇，才开口说："先生，我父亲被清人所杀这都是他们自作自受的，但只气不过清人而已。"郑成功歇了歇接着说："清人奸诈，当初劝诱我父亲时，高官 厚禄，封伯封侯，虽是小弟和他如何争战，他总不敢奈何我，所怕的人是我。到得小弟那年江南失利退回之后，他便无所忌惮，把父亲削爵治罪，徒往宁古塔。先生 只想，若照逆父办起来，罪何止此？"
陈永华劝说："清人诚不好，但延平王此刻有病在身，且养着点吧。"郑成功点头，命人扶起，慢慢地 扶到寝室中睡下，陈永华自己辞出。郑成功睡了一会，忽然又感觉心中很难受，于是，又忙叫人去请陈永华来，文武各大臣听了，也都忙来问疾。郑成功勉强着一一 致谢，然后向陈永华说："看如今这个样子。我的结果只怕就在早晨了。"
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